La Maison de l'Estuaire s'est vue confiée la gestion de la Réserve naturelle nationale de l'estuaire de la Seine en 1999. Créée le 31 décembre 1997 (voir le décret de création) et étendue le 9 novembre 2004 (voir le décret d'extension) sur une superficie de 8528 hectares, cette réserve naturelle est située en plein coeur d'un estuaire dynamique et artificialisé jouxtant une importante zone d'activité à la fois portuaire, industrielle et urbaine. Cette grande diversité d'acteurs et d'usagers impliqués rend sa gestion plus que complexe.
Afin de mener à bien sa mission, la Maison de l'Estuaire élabore, en concertation avec l'ensemble des acteurs du territoire, un plan de gestion qui définit les objectifs et les orientations de gestion. Ce document-cadre constitue une référence sur l’état des connaissances de la réserve et les enjeux du site. Il décrit aussi les opérations à réaliser chaque année : les études et suivis scientifiques, les actions de gestion des milieux naturels, les actions de communication et d'éducation à l'environnement et les missions d'information réglementaire et de police. L’actuel plan de gestion, validé en juillet 2018 est établi pour une période de dix ans.
Pour assurer la gestion de ce vaste espace naturel, la Maison de l'Estuaire bénéficie des subventions du Ministère de la Transition Écologique, de l'Agence de l'Eau Seine-Normandie, de HAROPA, du Conservatoire du Littoral.