La désignation de la ZPS "Estuaire et marais de la basse Seine" repose sur deux intérêts ornithologiques majeurs : la présence d’espèce d’intérêt communautaire de la Directive Oiseaux, dont un grand nombre possède un intérêt patrimonial fort du fait de leur rareté ; la constitution d’une zone d’accueil majeure pour les oiseaux migrateurs.
Ces deux rôles sont essentiellement attachés à la présence de zones humides diversifiées (vasières, prairies, roselières, boccages humides, plans d’eau, …) et de très grandes surfaces, qui font de la Seine et son embouchure une étape fondamentale sur les principales voies de migration.
Les principaux objectifs de la ZPS "estuaire et marais de la basse Seine" ont donc été identifiés comme étant :
- Maintenir ou étendre les habitats et les habitats d'espèces d'intérêt communautaire et améliorer leur état de conservation ;
- Maintenir, voire augmenter la capacité d'accueil des oiseaux migrateurs et favoriser les espèces inscrites à la directive Oiseaux.
L’Observatoire de l’Avifaune permet de suivre les populations d’oiseaux et de rendre compte de l’atteinte de ces objectifs depuis 2003.
Les gestionnaires en place accompagnés de l’Observatoire de l’Avifaune, sont chargés de l’accompagnement des acteurs locaux, la mise en œuvre de mesures de gestion favorables à l’avifaune, le suivi des espèces et de leurs habitats, ainsi que sur des actions de sensibilisation auprès des usagers et des collectivités.